El Gobierno pidió a la compañía un estudio para determinar si la extracción de minerales en San Marcos contaminaba pozos de agua de comunidades aledañas.
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Recientemente la Unidad de Recursos Hídricos y Cuencas de la Dirección de Gestión Ambiental y Recursos Naturales del Ministerio de Ambiente y Recursos Naturales (MARN), dictaminó favorablemente el estudio hidrogeológico de la Mina Marlin, que determina que el agua utilizada no se extrae de los pozos de las comunidades aledañas.
El estudio señala que los registros históricos de los niveles del agua subterránea de los pozos de producción de Marlin no demostraron relación con los manantiales y pozos artesanales de las comunidades, por encontrarse en dos acuíferos diferentes.
Los nacimientos más cercanos a la mina se encuentran a tres mil metros del pozo PSA 3 y este tiene un radio de influencia de dos mil 178 metros. De ahí que el pozo PSA 3 no tiene influencia sobre los nacimientos más cercanos a la mina. Otro factor que se consideró para definir la relación entre los pozos de extracción, los nacimientos y pozos artesanales de las comunidades, es la diferencia de los niveles estáticos del agua subterránea. Este nivel de agua subterránea en la mina se encuentra entre mil 861 los mil 777 metros sobre el nivel del mar, mientras que el nivel de agua subterránea de los pozos artesanales y nacimientos se encuentran cercanos a la superficie del suelo (3 a 5 metros). La diferencia define la existencia de dos sistemas hidrogeológicos.
En 2009, el MARN solicitó a Montana Exploradora, elaborar un estudio hidrogeológico con el propósito de determinar si la Mina y sus frentes de trabajo utilizaban el recurso hídrico de las poblaciones en la zona de influencia directa e indirecta. El documento se presentó al MARN, señalándose que no hay afecto a las fuentes de suministro. El MARN solicitó ampliaciones y aclaraciones al estudio, las cuales se incluyeron en el informe final, aceptado por el MARN y la Comisión Extraordinaria de Transparencia del Congreso de la República, confirmf
ó la compañía minera.