Centroamérica asumió, sin embargo, el compromiso de armonizar muchos procesos que implican la unión aduanera. Hay compromiso de lograr estándares regionales y no nacionales en la creación de reglamentos técnicos armonizados.
La integración regional también contribuirá a la reducción de las diferencias normativas actuales en el sector servicios, incluido el transporte marítimo. Los países del
área se han comprometido a utilizar un documento administrativo único para las declaraciones aduaneras al final de un período de transición de tres años. También armonizarán las aduanas y los procedimientos aduaneros tras cinco años como máximo. En cuanto a los aspectos sanitarios y fitosanitarios, los requisitos para los productos lácteos y de cerdo procesados, por ejemplo, contemplan una armonización en la región en los años siguientes. Además, se acordó un mecanismo de facilitación del tránsito para la reducción de la supervisión de los productos de la UE en las fronteras internas.